Năm 1975, sau khi tốt nghiệp lớp 10 Trường cấp 3 Bảo Thắng, Vũ Năng Hùng theo nghiệp cha, học lớp 10+2 tại Trường Sư phạm II Lào Cai. Sau khi ra trường, thầy giáo trẻ Vũ Năng Hùng đã có thời gian dạy học ở huyện Bảo Yên, rồi chuyển về huyện Bảo Thắng, từng có 4 năm làm Tổ trưởng chuyên môn Phòng Giáo dục và Đào tạo Bảo Thắng. Từ năm 1992 đến năm 1997, ông chuyển lên thị xã Lào Cai làm Hiệu trưởng Trường THCS Cốc Lếu, rồi được bổ nhiệm là Phó trưởng Phòng Giáo dục và Đào tạo thị xã Lào Cai. Năm 2001, ai cũng bất ngờ khi đang là Phó trưởng phòng đầy triển vọng, thầy giáo Vũ Năng Hùng xin chuyển về làm Hiệu trưởng Trường THCS Kim Tân.

Ngày ấy, Trường THCS Kim Tân đang trong giai đoạn khó khăn, số lượng học sinh đông với hơn 800 em, kỷ cương, nền nếp bị buông lỏng. Nhiều học sinh đạo đức yếu, chất lượng thấp so với các trường trong thị xã nên không ai muốn về tiếp quản. Thầy giáo Vũ Năng Hùng tâm sự: “Nhiều người thắc mắc vì sao tôi lại không tiếp tục ở vị trí bao người mơ ước mà lại chọn việc khó, tôi nghĩ có lẽ mình sinh ra là để gắn với trường học, chỉ ở trường học tôi mới được là chính mình”.

Từng trải qua nhiều môi trường công tác, ông quyết tâm vực lại kỷ cương, nền nếp nhà trường, đưa chất lượng giáo dục đi lên. Trải qua 15 năm, thầy và trò cùng cố gắng, Trường THCS Kim Tân đã khẳng định được vị thế, lấy lại được niềm tin đối với nhân dân và học sinh, trở thành lá cờ đầu về chất lượng giáo dục của thành phố Lào Cai. “Làm giáo dục, nhất là người quản lý giáo dục, hiệu trưởng, nếu chỉ chạy theo thành tích, không chú trọng đến chất lượng giáo dục thực chất của trường thì sẽ để lại những hậu quả khôn lường” - ông nói.

Khi làm Hiệu trưởng Trường THCS Cốc Lếu năm 1993, năm 1994, ông cũng đã chấn chỉnh việc kiểm tra, đánh giá học sinh thật chặt chẽ, nghiêm túc. Giờ kiểm tra của học sinh luôn có 2 giáo viên giám sát, thực hiện đề chẵn, đề lẻ nhằm hạn chế tối đa việc học sinh quay cóp. Là trường đầu tiên thực hiện kiểm tra, đánh giá học sinh như vậy nên năm đó, kết quả tốt nghiệp lớp 9 của trường chỉ đạt 70%, thấp hơn nhiều trường khác. Chấp nhận mất thi đua trong vài năm liền, ông đã giúp thầy cô giáo và học sinh nhận ra chỉ có “dạy thật, học thật, chất lượng thật” mới bền vững. Bền bỉ xây dựng môi trường giáo dục thực chất, Trường THCS Cốc Lếu dần trở thành trường có tỷ lệ học sinh thi đỗ tốt nghiệp THCS bền vững, có nhiều giáo viên giỏi cấp cấp tỉnh, học sinh đoạt giải cấp tỉnh, cấp quốc gia.

Đối với Trường THCS Kim Tân, từ năm 2001 đến nay, ông cũng luôn duy trì nghiêm túc việc kiểm tra, đánh giá xếp loại học sinh. Tuy là trường đại trà nhưng trường chỉ đứng sau Trường THCS Lê Quý Đôn về số lượng học sinh thi đỗ vào Trường THPT Chuyên Lào Cai và Trường THPT số 1 thành phố Lào Cai. Đội ngũ giáo viên của trường được bồi dưỡng tốt, năm học 2012 - 2013 có tới 17 giáo viên dạy giỏi cấp thành phố, 7 giáo viên dạy giỏi cấp tỉnh.

Thầy giáo Vũ Năng Hùng đã được ngành giáo dục và các cấp, các ngành tặng thưởng nhiều danh hiệu cao quý. Tiêu biểu như 3 lần được nhận Bằng khen của Chủ tịch UBND tỉnh, 1 Bằng khen của Thủ tướng Chính phủ, 2 lần đạt danh hiệu Chiến sỹ thi đua cấp tỉnh. Năm 2014, thầy giáo Vũ Năng Hùng được công nhận danh hiệu Nhà giáo ưu tú.